home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NeXT Education Software Sampler 1992 Fall / NeXT Education Software Sampler 1992 Fall.iso / READMEFiles / Midas.README < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-08-29  |  9.2 KB  |  198 lines
  1.  
  2.    MidasPlus - Molecular Interactive Display and Simulation System
  3.                   Computer Graphics Laboratory
  4.             University of California, San Francisco
  5.  
  6.  
  7. MidasPlus is a sophisticated molecular modeling system developed
  8. by the Computer Graphics Laboratory at the University of California,
  9. San Francisco.  The system is used daily in a university-level
  10. research program for the display and manipulation of macromolecules
  11. such as proteins and nucleic acids.  Ancillary programs allow for
  12. such features as computation of molecular surfaces and electrostatic
  13. potentials and generation of "publication quality" space filling
  14. images with multiple light sources and shadows.  Because of our
  15. own research needs, MidasPlus has been developed with an emphasis
  16. on the interactive selection, manipulation and docking of drugs
  17. and receptors.  Although quite powerful in this application, the
  18. system is also somewhat specialized in this respect:  it requires
  19. three dimensional atomic coordinate data for the structures being
  20. displayed and expects the primary structure to be based on linear
  21. chains of subunits such as amino acids or nucleic acids.  Complex
  22. inorganic compounds and large polymers with many crosslinks are
  23. handled ungracefully.  See the MidasPlus User's Manual for full
  24. details.
  25.  
  26. MidasPlus was initially developed in the early 1980's, and until
  27. recently has run only on high performance interactive graphics
  28. workstations such as the Silicon Graphics IRIS.  Versions are now
  29. available the NeXT family of workstations, the SGI IRIS family of
  30. workstations, and the DECstation 5000 PXG family of workstations.
  31. Because of the lack of full support for doing three dimensional
  32. image rotations and translations using the NeXTDIMENSION graphics
  33. option prior to NeXTSTEP 3.0, the current version of MidasPlus for
  34. the NeXT can effectively handle only small proteins, nucleic acids
  35. and drug models.  A color system is essential for serious modeling
  36. work, although the software is capable of running on a black and
  37. white NeXTSTATION  as well.  As with most workstations, the more
  38. main memory you have the better the application will perform; we
  39. consider 20MB on a color NeXTSTATION and 32MB on a NeXTDIMENSION
  40. system to be adequate.  If you plan to work with many models, 400MB
  41. of disk should be considered an absolute minimum.
  42.  
  43. If you are interested in reading more about MidasPlus three good
  44. references are:
  45.  
  46.    1. T.E. Ferrin, C.C. Huang, L.E. Jarvis, and R. Langridge,
  47.       "The MIDAS Display System," J. Mol. Graphics, 6(1):13-
  48.       27,36-37, 1988.
  49.  
  50.    2. T.E. Ferrin, G.S. Couch, C.C. Huang, E.F. Pettersen, and R.
  51.       Langridge, "An Affordable Approach to Interactive Desktop
  52.       Molecular Modeling," J. Mol. Graphics, 9(1):27-32,37-38,
  53.       1991.
  54.  
  55.    3. "The Coming of Desktop Molecular Modeling", NeXT on Campus,
  56.       2(3):8-9, Spring 1991.
  57.  
  58. If you'd like to see some recent sample MidasPlus images created
  59. on a Silicon Graphics IRIS system, some good examples can be found
  60. in:
  61.  
  62.    1. A.M. De Vos, M. Ultsch and A.A. Kossiakoff, "Human Growth
  63.       Hormone and Extracellular Domain of Its Receptor: Crystal
  64.       Structure of the Complex", Science, 255(5042):cover and
  65.       306-312, 1992.
  66.  
  67.  
  68. The distribution of MidasPlus included on this "NeXT Public Domain
  69. CD-ROM for Education" is a binary-only version of the system.  It
  70. has been tested extensively under NeXTSTEP release 2.1 and in a
  71. much more limited fashion under NeXTSTEP 3.0 beta pre-release 2.
  72. This version does NOT use Interactive RenderMan (IRM), and hence does
  73. not take advantage of the high performance 3D graphics available with
  74. the NeXTDIMENSION option under release 3.0.
  75.  
  76. MIDASPLUS IS COPYRIGHTED BY THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA.
  77. THE BINARY-ONLY VERSION OF MIDASPLUS INCLUDED ON THIS CD-ROM IS LICENSED
  78. ON A PER WORKSTATION BASIS FOR $99 PER COPY.  A ONE WEEK "DEMO LICENSE"
  79. IS AVAILABLE FREE OF CHARGE.  SEE BELOW FOR DETAILS ON NOW TO OBTAIN
  80. THE LICENSE PASSWORD NECESSARY FOR ACTIVATING THE MIDASPLUS APPLICATION.
  81.  
  82. You must install MidasPlus on your hard disk in order to use it.  The
  83. MidasPlus application and assorted support programs take approximately
  84. 2 MB of disk space and reside in the directories /LocalApps, /LocalLibrary,
  85. and /usr/local/{bin,lib,man}.  Use the standard NeXT Installer application
  86. to do the installation. You do not need to install the compressed PostScript
  87. documentation if you just want to print it.  If you want the MidasPlus
  88. manual pages to be seen by the Digital Librarian and the UNIX "man" command,
  89. you will need to make a couple of symbolic links after you have run the
  90. Installer App..  On a NeXTSTEP 2.{0,1,2} system do (as root):
  91.  
  92.    ln -s /usr/local/man/manl /NextLibrary/Documentation/Unix/ManPages/manl
  93. and
  94.    ln -s /usr/local/man/catl /NextLibrary/Documentation/Unix/ManPages/catl
  95.  
  96. On a NeXTSTEP 3.0 system do:
  97.  
  98.    ln -s /usr/local/man/manl /NextLibrary/Documentation/ManPages/manl
  99. and
  100.    ln -s /usr/local/man/catl /NextLibrary/Documentation/ManPages/catl
  101.  
  102.  
  103. The binary-only distribution of MidasPlus contains no source code
  104. and no printed documentation, but otherwise is a fully functional
  105. release.  PostScript versions of the MidasPlus User's Manual
  106. (manual.ps.Z), MidasPlus Command Quick Reference Card (quickref.ps.Z),
  107. and Version 1.8 Release Notes (release-notes.ps.Z) are included in
  108. this directory.  The manual is 130 pages in length and fully documents
  109. the MidasPlus system.  Serious users are encouraged to print out the
  110. manual and study it carefully to determine the many features and
  111. limitations of the system.  A "show and tell" style introduction to
  112. MidasPlus can be found in the "Demos" directory.  Additional demos
  113. can be found in Demos/{dna,crodna} and a PDB model of the protein
  114. Glucagon can be found in /LocalLibrary/Mol/pdb.  See the individual
  115. "README" files in each of the subdirectories for demo operating
  116. instructions.
  117.  
  118. MidasPlus is also licensed in source form to universities and other
  119. organizations.  The license fee is $350, which includes complete
  120. source code, distribution media, machine readable and printed
  121. documentation, and our administrative overhead costs.  Support and
  122. training are not available, although we do welcome bug reports and
  123. periodically issue update releases that incorporate bug fixes.
  124. Please note that we are an academic institution with limited personnel
  125. and not a commercial software company.
  126.  
  127. To obtain either a free one week demo license or a $99 per workstation 
  128. binary-only license for the MidasPlus software system, do the following:
  129.  
  130.     1. Install the MidasPlus package on your NeXT workstation
  131.        hard disk by double-clicking on the Midas.pkg icon.
  132.  
  133.     2. Start up MidasPlus by double-clicking on the /LocalApps/Midas
  134.        icon.  A alert panel will pop up showing the unique machine
  135.        identifier for your workstation.
  136.  
  137.     3. Send an email message to midas-license@cgl.ucsf.edu (Internet),
  138.        or send US mail to the address shown below, or call 415-476-5128
  139.        and ask to speak with the MidasPlus license coordinator.  You
  140.        must supply the following information:
  141.  
  142.         a) Name
  143.         b) Title
  144.         c) Instutional affiliation
  145.         d) Address
  146.         e) Phone number
  147.         f) Machine identifier
  148.         g) A check or purchase order for $99 (optional).
  149.  
  150.     4. A 16 digit license password will be returned to you.  Add
  151.        this password along with your machine identifier to the list
  152.        of passwords in /LocalLibrary/Midas/demo_passwords and then
  153.        double-click on the /LocalApps/Midas icon.
  154.  
  155.     5. In order to run the overview demo on a 3.0 system, or to be
  156.        able to double-click on files with .pdb extensions, you will
  157.        either need to logout and log back in again, or wait until
  158.        the workspace manager discovers MidasPlus has been installed.
  159.  
  160. License requests which do not include a check or purchase order will
  161. receive a one-week license free of charge (one time only).  Requests
  162. with include payment will receive a license password good for ten years.
  163. If your payment is via a purchase order, it will take time for the
  164. purchase order to be processed before your license is issued (some
  165. institutions and government agencies are very slow in paying, so you
  166. may wish to consider paying by check in order to avoid potential delays).
  167.  
  168. Our US mail address is:
  169.  
  170.     MIDAS Software Distribution
  171.     c/o Norma Belfer
  172.     Computer Graphics Laboratory
  173.     School of Pharmacy
  174.     University of California
  175.     San Francisco, CA  94143-0446
  176.  
  177. Institutions interested in licensing MidasPlus in source form (source
  178. license are NOT available to individuals) should send an email inquiry
  179. to midas-license@cgl.ucsf.edu (Internet).  A license agreement will be
  180. sent to you which must be signed by your legal department and returned
  181. with payment or purchase order.  Distribution media is floppy disk.
  182.  
  183. We hope you will find MidasPlus as useful in your research as we do.
  184. Well over 200 scientific publications have resulted from work at the
  185. UCSF Computer Graphics Laboratory using MidasPlus.  The software is
  186. actively used in research labs throughout the USA and many foreign
  187. countries.
  188.  
  189. MidasPlus was developed at the UCSF Computer Graphics Laboratory
  190. through support from the University of California and the National
  191. Institutes of Health National Center for Research Resources (NCRR
  192. grant RR-01081, Robert Langridge principal investigator).  Conrad
  193. Huang, Greg Couch, Eric Pettersen and Tom Ferrin are the principal
  194. authors of the MidasPlus software package.
  195.  
  196. --Tom Ferrin
  197.   16-Aug-92
  198.